Некоторые изменения в структуре планктонных сообществ наблюдаются лишь в прибрежной части озера. Основные изменения планктонных комплексов произошли в середине 80-х годов в южной части озера. В настоящее время вся южная часть озера (включая бухты Петрокрепость и Волховскую) по показателям зоопланктона может быть охарактеризована как мезотрофная зона. Прибрежные воды открытых районов Ладоги также мезотрофные. Пелагическая часть озера может рассматриваться как олигомезотрофная.
В озере существует несколько ограниченных зон (мелководные бухты),
в которых загрязняющие стоки целлюлозо-бумажной промышленности привели к
значительным изменениям в бентосных сообществах (Щучий залив около Приозерска,
бухта Хиденселька около Ляскеля, Питкярантский залив).
Вследствие эвтрофирования и органического загрязнения Ладоги резко
уменьшилась численность некоторых олигосапробных ледниковых реликтов
(Pallasea quadrispinosa и Gammaracanthus loricatus lacustris). Наблюдается также увеличение численности и биомассы макробентоса в глубоких местообитаниях.
Вид-вселенец Gmelinoides fasciatus
Gmelinoides fasciatus - небольшая амфипода из бассейна
озера Байкал, был обнаружен в Ладожском озере в июле 1988 г. (Panov, 1996). Вид проник в Ладожское озеро вследствие намеренной интродукции в начале 70-х (для повышения рыбопродуктивности в озерах Карельского перешейка).
В настоящее время вид прочно вошел в состав литоральных сообществ
вдоль западного и северного побережий озера (Panov, 1996; Kurashov et al., 1996). Здесь вид доминирует в
литоральных сообществах и составляет свыше 70%
биомассы макрозообентоса. Он многочислен как в макрофитных ассоциациях, так и
на каменистых участках, как в загрязняемых, так и в ненарушенных местообитаниях.
Его максимальные численность и биомасса составляют около 54 тыс.
экз.м2 и 160 г.м2. Отмечено
отрицательное воздействие Gmelinoides fasciatus на местные виды
(например, Gammarus lacustris) и на бентосные сообщества в целом.
В настоящее время Gmelinoides fasciatus активно расширяет
свой ареал. Согласно последним наблюдениям он уже оккупировал Валаамский
архипелаг и биотопы вдоль южного побережья озера.
Специального внимания в бентосных сообществах Ладожcкого озера
заслуживают виды-вселенцы, которые остаются практически не изученными. Один из
известных примеров - Gmelinoides fasciatus - с 1988 г. распространился по большей части Ладоги, вступил в конкурентные отношения с местными видами и негативно повлиял на динамику донных сообществ.
В связи с загрязнением водной среды, эвтрофикацией,
гидростроительством и интенсивным промыслом в рыбном населении Ладожского
озера произошел ряд изменений. С начала 90-х годов отмечается очередное снижение
уловов, связанное не столько со снижением запасов промысловых рыб, сколько с
общими негативными явлениями в экономике. Одно из следствий последних -
нарушения в системе учета: часть выловленной рыбы добывающими организациями и
лицами реализуется без отражения в отчетной и статистической документации.
Тяжелое положение с популяциями озерно-речных рыб в Ладожском озере сложилось из-за нарушения условий их воспроизводства. Основные нерестовые реки (Свирь, Волхов, Тулема, Вуокса) перекрыты плотинами гидростанций, загрязняются промышленными и сельскохозяйственными стоками. В частности, перекрытие рек Волхов и Свирь плотинами ГЭС без рыбоходов нарушило воспроизводство ладожских сигов и поставило на грань исчезновения единственное из оставшихся в Европе стадо атлантического осетра. В недалеком прошлом ущерб воспроизводству рыб наносил молевой сплав леса, отрицательные последствия которого полностью не устранены до настоящего времени. На состояние запасов лосося и форели влияет неупорядоченное любительское рыболовство на нерестовых реках.
Загрязнение бассейна Ладожского озера и антропогенное эвтрофирование водоема привело также к появлению у рыб хронических токсикозов. Сиги потеряли многие нерестилища из-за их загрязнения.
В результате интенсивного промысла численность ладожской нерпы
сократилась с 20-30 тысяч особей в начале века до 5-10 тысяч к 60-м годам. С
1970 года промысел нерпы в Ладожском озере регулировался посредством
установления лимитов на добычу; в 1975 году был введен запрет на спортивную и
любительскую охоту. С начала восьмидесятых годов нерпа находится под охраной.
Однако в настоящее время численность животных не превышает 5000 голов. На
основании этих оценок статус данного подвида был определен как уязвимый в
Красной книге МСОП и как редкий в Красной книге Фенноскандии.
Ладожская нерпа внесена также в Красные книги России и Республики Карелия.
Ладожская нерпа, по-видимому, в меньшей степени, чем балтийский и сайменский подвиды пострадала от загрязнения окружающей среды. Значительную проблему для ладожской нерпы представляет рыболовство. Ежегодно от 200 до 400 животных гибнут в рыболовных сетях. Одновременно как среди представителей рыболовецких предприятий, так и среди местного населения бытуют представления о нерпе как злостном вредителе, в значительной степени подрывающем ресурсы ценных промысловых рыб. Это противоречие существенно осложняет охрану вида.
Другим негативно влияющим на популяцию фактором является непосредственный контакт с человеком. Наиболее сильным воздействие со стороны человека проявляется в летний период, когда тюлени образуют лежбища на побережье островов и лудах. Проход судов, лодок, катеров вблизи мест залежек, присутствие на островах людей (рыбаки, охотники, туристы) приводит к немедленному сходу животных в воду.