До начала 60-х годов Ладожское озеро являлось олиготрофным водоемом и эталоном высшего класса по чистоте воды. За следующие 25-30 лет из-за интенсивного роста хозяйственной деятельности на территории водосбора и недостаточного развития водоохранных мероприятий состояние Ладожского озера ухудшилось. В начале 90-х годов озеро характеризовалось как слабо мезотрофное в центральной и северной частях; в южной части озера отмечались признаки эвтрофности. Наблюдалось интенсивное летнее развитие синезеленых водорослей. Однако в последнее время после закрытия ряда целлюлозно-бумажных комбинатов (ЦБК) и с общим снижением интенсивности промышленного и сельскохозяйственного производства активизировались процессы самоочищения озера, и в настоящее время Ладога возвращается к состоянию олиготрофности.
Изменения в экосистеме Ладожского озера обусловлены действием двух основных факторов: антропогенного эвтрофирования и загрязнения токсичными веществами.
На сегодняшний день концентрации никеля, меди, цинка, свинца, кадмия и кобальта в придонных водах южной прибрежной части Ладожского озера и впадающих в него рек близки к средним значениям концентраций в реках мира. Содержание железа выше средних мировых значений для озерных вод в 3 раза, для речных - в 13 раз.
На границе смешения речных и озерных вод происходит значительное уменьшение концентрации большинства микроэлементов. Содержания металлов во взвешенной форме падают в 10-300 раз, в растворенной форме в 2-20 раз.
Установлены две области с аномально высокими для бассейна Ладоги содержаниями тяжелых металлов в растворенной форме. Первая область - устьевая зона р. Морье, где концентрации никеля, кадмия и меди превышают фоновые значения в 20, 10 и 3 раза соответственно. Вторая область - западная часть бухты Петрокрепость, где содержания меди и цинка выше фоновых соответственно в 20 и 10 раз.
Санитарно-токсикологическая оценка состояния прибрежных вод озера (1989-1991 гг.) показала, что особенно сильным загрязнением, сопровождающимся эвтрофированием и микробным загрязнением, отличаются районы Волховской губы, восточного прибрежья (устья рек Олонки, Тулоксы, Тулемайоки) и ряд районов северного прибрежья (г. Приозерск, Питкяранта, пос. Лахденпохья). Сильное микробное и токсическое загрязнение при более низком значении эвтрофирования наблюдалось в Свирской губе и ряде районов восточного прибрежья (устья рек Обжанки и Видлицы).