Генезис флоры и фауны озера нуждается в специальном рассмотрении, при этом следует различать прибрежную и глубоководную части озера в связи со значительной гетерогенностью условий.
В прибрежной зоне роль локальных факторов значительно больше. В гидрологически изолированных участках (заливах, шхерах) влияние состава материнских пород и особенностей водосборных участков проявляется особенно сильно. Однако озеро, несмотря на пристальный интерес многих организаций, изучено недостаточно. Значительная часть подводных ландшафтов до сих пор является "белым пятном" на карте озера. Отсутствуют данные по ряду важнейших вопросов, касающихся источников поступления, направления и характера переноса осадочного материала, как природного так и техногенного.
Литораль, важная часть прибрежной зоны, обладает целым рядом особенностей, присущих только этому природному образованию. Ценозы высших растений формируют микроклиматические условия в прибрежной зоне, оказывают влияние на гидродинамические процессы.
Прибрежная зона находится под значительным влиянием вод притоков, составляющих важнейшую часть водного баланса озера (более 85 % прихода). Различия в химическом составе их вод и гидрологические особенности устьевых участков также вносят вклад в разнообразие условий в озере.
В глубоководной части озера роль пелагических сообществ в функционировании озерной системы значительно важнее по сравнению с бентосными. Пелагиаль представляет собой более однородное местообитание, в связи с этим для нее характерно меньшее видовое разнообразие по сравнению с прибрежной зоной в целом. Различные участки озера, однако, различаются по структуре планктонных сообществ. Специфическим только для этого биотопа является холодноводный (гипо-металимнический) комплекс видов. Значительную роль в нем играют гляциально-реликтовые формы, предпочитающие высокое содержание кислорода. Роль этой группы видов в экосистеме очень важна, так как она в значительной степени осуществляет трансформацию и перенос органического вещества между разными биотопами водоема.
На протяжении более чем 35 лет водоем испытывает значительную
антропогенную нагруз- ку. Прибрежная зона испытывает наиболее мощное воздействие,
играя роль барьера на пути поступления как биогенных, так и разнообразных
загрязняющих веществ.
Появление и распространение всесветных эвритопных видов, ранее не
характерных для Ладожского озера в антропогенно нарушенных участках (например,
залив Щучий) и видов-вселенцев вряд ли могут рассматриваться как позитивные
явления, хотя формально и приводят к увеличению видовых списков (см. "Экология. Водные экосистемы. Фауна.").